Археологија и нумизматика
Једно је од два формирана стручна одељења тек основаног Музеја, а 1963. године је формирано и Одељење за нумизматику.
Археолошке збирке садрже фонд од око 5.000 инвентарисаних артефаката, док нумизматичке збирке поседују око 7.000 обрађених инвентарисаних новчића.
Археолошка и нумизматичка збирка спадају у ред најрепрезентативијих музејских збирки овог типа у земљи, а обухватају период од праисторије до позног средњег века /турског периода.
Три главне збирке су: праисторија, антика, средњи век.
Археолошки локалитети који су дали најрепрезентативније налазе: Гумниште и Чукар, Павловац – неолит; Меаниште, Ранутовац – бронзано доба; Кале, Кршевица – хеленизам; Градиште, Давидовац – римски период; Градиште, Првонек – касноантички период / рановизантијски период; Градиште – Топионица, Велики Трновац – касноантички период / рановизантијски период; Марково кале, Врање – антички период / позни средњи век / турски период; Порта манастира Св. Прохор Пчињски – антички период /позни средњи век.
Нумизматика
Нумизматичку збирку чине 24 раритетне октодрахме и декадрахме с краја VI века пре н.е. античког племена Дерони и једна октодрахма Александра I Македонског, пронађене на локалитету Цигански Рид у Врању 2003. године, неколико примерака грчких драхми, римски денари из Прибоја Врањског 1995. године познати као „прибојска остава“ и неколико примерака чанкастог, српског средњовековног и турског новца.
